Los antiguos habitantes de la región eran de origen quechua; también llegaron grupos de rebeldes aymaras traídos por los incas desde la meseta del Collao, que fueron instalados como mitimaes (y quienes dieron precisamente su nombre a la provincia de Aymaraes). Estos pobladores se asentaron formando pueblos en Añahuichi, Ccaychuca, etc. La región se llamaba originalmente Chawpimarka o Chaupimarca, que es un vocablo quechua-aymara compuesto que significa “pueblo del centro”. A medida que transcurrió el tiempo se impuso la variante Chapimarca.

Durante la colonia se erigió en la zona la parroquia de Chaupimarca, dependiente del Obispado del Cuzco. Políticamente la zona estaba bajo la jurisdicción del Corregimiento de Aymaraes, luego Partido de Aymaraes, dependiente a la vez de la Intendencia del Cuzco.

Bajo la República, fue creado el distrito de Chapimarca mediante Ley s/n del 2 de enero de 1857, en el gobierno de Ramón Castilla. El distrito estaba constituido por los pueblos de Pampallacta, Ancobamba, Santiago, Supalla, con capital en Chapimarca, y formaba parte de la provincia de Aymaraes, entonces bajo la jurisdicción del departamento del Cuzco.